Τα δαμερίσματα του Ναυάρχου βρίσκονται στο 1ο υπόστρωμα.
Σε αυτό περιλαμβάνεται η τραπεζαρία, ή αίθουσα συσκέψεων και το υπνοδωμάτιο του.
Στο εσωτερικό τους υπάρχουν προθήκες με τη στολή του Ναυάρχου Παύλου Κουντουριώτη τα παράσημα και το σπαθί του.
Άξιο προσοχής είναι η συλλογή ασημένιων σκευών, το ραδιόφωνο της εποχής, καθώς και η επίπλωση.
Αριστερά έξω από την είσοδο των διαμερισμάτων ο επισκέπτης μπορεί να διακρίνει το λουτρό και στα δεξιά τη σκευοθήκη-δεσπέντζα του, χώρος που προετοιμαζόταν το σερβίρισμα των γευμάτων.