Τα αρχαιολογικά δεδομένα που μας πληροφορούν για τα φυτά στα προϊστορικά και ιστορικά χρόνια διακρίνονται σε κινητά και ακίνητα. Και τα δύο σχετίζονται με την επεξεργασία των καρπών, τα ακίνητα όμως συνιστούν εγκαταστάσεις, όπως ελαιοτριβεία, πατητήρια, μυλώνες, ή άλλες για την επεξεργασία του λιναριού και των αρωμάτων. Η πρώτη βέβαιη εμφάνιση της ελιάς στον ελλαδικό χώρο προέρχεται από τον πρώιμο μινωικό οικισμό της Μύρτου. Η θραύση του καρπού της θα γινόταν με απλή μυλόπετρα ή με τσόκαρα (κρούπεζαι), όπως στη Βοιωτία. Ακίνητες εγκαταστάσεις για την επεξεργασία αλευριού βρίσκονται στο Ακρωτήρι της Θήρας από την Ύστερη Κυκλαδική εποχή. Το αξιοπερίεργο είναι ότι, σε αστικό οικισμό και δη στο εύπορο τμήμα του, μυλώνες υπήρχαν μάλλον σε κάθε σπίτι.
Από τις τρεις φάσεις επεξεργασίας σιτηρών και οσπρίων, η πρώτη γίνεται στην ύπαιθρο και οι άλλες δύο αφορούν το καθάρισμα του καρπού. Άροτρα, εργαλεία αλωνισμού, ξύλινα γουδιά και γουδοχέρια, φτιαγμένα από φθαρτά υλικά δεν σώθηκαν. Σώζονται μόνο εργαλεία θερισμού από πυριτόλιθο, οψιδιανό ή μέταλλο. Τα λεγόμενα vats (λεκάνες) πιστεύεται ότι προορίζονταν για την παραγωγή λαδιού ή κρασιού. Η ασάμινθος, η λεγόμενη «μπανιέρα», ήταν πιθανότατα συνδεδεμένη με την αρωματοποιία. Τα πιθάρια με προχοή θα σχετίζονταν με το λάδι, το κρασί ή την μπίρα, ίσως και με ρευστές τροφές. Χρήση φυτών και καρπών γίνεται και στα θυμιατήρια καθώς και στις χύτρες που, εκτός από το μαγείρεμα, χρησίμευαν πιθανόν και για την παρασκευή αρωμάτων.
Στην Ελλάδα, από τη δεκαετία του 1980 η συλλογή βιοαρχαιολογικού υλικού γίνεται αναπόσπαστο μέρος του ανασκαφικού έργου. Η αρχαιοβοτανική μελέτη συμβάλλει στις οικονομικές και κοινωνικές ερμηνείες για τους οικισμούς. Υποδεικνύει τις τυχόν «βιοτεχνικές περιοχές», πατητήρια, ελαιοτριβεία κ.ά., αλλά και το σύστημα των αποθηκευτικών χώρων. Τέλος, τα ζιζάνια που ακολουθούν τους καρπούς από το χωράφι στην αποθήκευση αποτελούν μάρτυρες του οικολογικού περιβάλλοντος του χωραφιού. Οικολογικό περιβάλλον δημιουργεί και ο κάθε τρόπος θερισμού.