Ήταν η πλουσιότερη από τις φυσικές πηγές που υπάρχουν στον Βράχο της Ακρόπολης. Και όπως είναι φυσικό, οι άρχοντες της αρχαίας Αθήνας είχαν φροντίσει από νωρίς να την προστατέψουν και να την αναδείξουν. Πρόκειται για την περίφημη Κλεψύδρα, που βρίσκεται περίπου στη βορειοδυτική γωνία του βράχου, στη συμβολή της οδού των Παναθηναίων και του Περιπάτου. Η χρήση της μαρτυρείται από τα προϊστορικά χρόνια. Σήμερα, όμως, ως μνημείο πλέον, παρουσιάζει σοβαρότατα προβλήματα. Συγκεκριμένα η αυλή της, κατασκευασμένη από εξαιρετικά εύθριπτο ασβεστολιθικό υλικό, έχει υποστεί μεγάλες φθορές τις οποίες, σύμφωνα με απόφαση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, πρόκειται να αντιμετωπίσει ένα πρόγραμμα συντήρησης και αποκατάστασης.
Ορισμένοι λίθοι παρουσιάζουν άμεσο κίνδυνο αποκόλλησης και πτώσης τμημάτων τους, άλλοι είναι κατακερματισμένοι, άλλοι έχουν ρηγματώσεις, άλλοι έχουν χαθεί τελείως, ενώ παντού παρουσιάζεται απολέπιση της επιφάνειας του υλικού. Στο δάπεδο, εξάλλου, εξαιτίας των ομβρίων υδάτων και της δράσης των αλάτων, εμφανίζεται μεγάλη διάβρωση, με αποτέλεσμα αλλού η επιφάνεια να έχει καταβυθιστεί και αλλού να έχει ανυψωθεί.
Το πρώτο κρηναίο οικοδόμημα της πηγής κατασκευάστηκε στα χρόνια του Κίμωνα, μετά τους Περσικούς πολέμους (περί το 470-460 π.Χ.), ενώ μαζί διαμορφώθηκε και η πλακόστρωτη αυλή. Το έργο, ενταγμένο στο οικιστικό πρόγραμμα της εποχής, ήταν στην ουσία η κατασκευή ενός «κουτιού» μέσα στη φυσική λεκάνη της πηγής. Ετσι ο βόρειος τοίχος της Κλεψύδρας αποτελεί ταυτοχρόνως τον νότιο της αυλής.
Ως προς τη λειτουργία αυτής της αυλής υπάρχουν διάφορες ερμηνείες, αφού ο πρώτος ανασκαφέας της, ο Α. Πάρσονς της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών (1937-1940), αναφέρει ότι ίσως σχεδιάστηκε ως υπαίθριος χώρος που λειτουργούσε ως παράρτημα του γειτονικού ιερού του Απόλλωνα Υποακραίου, ενώ, σύμφωνα με τον Τραυλό, η αυλή δεν ήταν τίποτε άλλο από μια δεξαμενή ομβρίων υδάτων. Η είσοδος σε αυτήν πρέπει να γινόταν μέσω σκάλας από τα δυτικά διότι σε εκείνο το σημείο εντοπίστηκαν ίχνη σκαλοπατιών.
Όποια και αν ήταν η χρήση της, το σχήμα της είναι ακανόνιστο με εσωτερικές διαστάσεις 20,5Χ10,5 μ. και εσωτερικές 16,8Χ8,7 μ. Σύμφωνα με ιστορικές μαρτυρίες, εξάλλου, η Κλεψύδρα είχε υποστεί ήδη από την αρχαιότητα πολλές κατολισθήσεις βράχων που προκάλεσαν μεγάλες καταστροφές ακόμη και στην κρήνη. Τώρα, πάντως, οι επεμβάσεις θα γίνουν σε βάθος έτσι ώστε να υπάρξει κατ΄ αρχάς εξυγίανση του εδάφους, εν συνεχεία να ληφθούν μέτρα για την απορροή των υδάτων και, τέλος, να συντηρηθούν και να συγκολληθούν οι λίθοι.
Για την ιστορία, να αναφερθεί ότι ο Ησύχιος αποκαλούσε την πηγή «κλεψίρρυτον» επειδή το νερό της ρέει κατά διαστήματα υπογείως, ενώ άλλοι αρχαίοι σχολιαστές αναφέρουν ότι το αρχικό της όνομα ήταν Εμπεδώ, από τη νύμφη που λατρευόταν εκεί, καθώς και επειδή άλλοτε ξεχείλιζε και άλλοτε εξαφανιζόταν.

Πηγή: Τα Νέα, 2/7/09