Η Θεολογική σχολή είναι μία από τις τέσσερις πρώτες σχολές του Πανεπιστημίου Αθηνών. Ο Μισαήλ Αποστολίδης ήταν ο πρώτος κοσμήτορας της σχολής και οι πρώτοι φοιτητές ήταν οκτώ.
Το 1974 ιδρύθηκε το Ποιμαντικό τμήμα. Από το 1982, η Θεολογική σχολή περιλαμβάνει το τμήμα Θεολογίας και το τμήμα Κοινωνικής θεολογίας.
Το 1931, παραχωρήθηκε από την Εκκλησία στο πανεπιστήμιο ο ιστορικός βυζαντινός ναός του ΙΑ´ αιώνος των Εισοδίων της Θεοτόκου (Καπνικαρέα) για τις θρησκευτικές ανάγκες διδασκόντων και διδασκομένων και προς άσκηση των φοιτητών της θεολογίας. Την εποπτεία και διοίκηση του ναού έχει η Θεολογική σχολή.