Η άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453 από τον σουλτάνο Μωάμεθ Β΄ σηματοδοτεί το οριστικό τέλος της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Έκτοτε, οι Οθωμανοί εδραιώνονται στην ανατολική Μεσόγειο, συγκροτώντας μία αχανή αυτοκρατορία.
Η Βοιωτία προσαρτάται οριστικά στους Οθωμανούς το 1460, υπαγόμενη στο σαντζάκι του Ευρίπου, μεγάλη διοικητική περιφέρεια με έδρα τη Χαλκίδα. Διαιρείται σε δύο μεγάλους καζάδες (διοικητικές περιφέρειες) της «Ιστίφας» (Θήβας) και της Λιβαδειάς.
Στην περιοχή εγκαθίστανται μουσουλμάνοι, ο πληθυσμός ωστόσο παραμένει στην πλειονότητά του χριστιανικός.
Σημαντική επίσης είναι η παρουσία Εβραίων, καθώς επίσης Αρβανιτών που εγκαθιστά η Οθωμανική διοίκηση στη βοιωτική ύπαιθρο με σκοπό την ενίσχυση της αγροτικής παραγωγής.
Κατά την οθωμανική περίοδο η εικόνα των πόλεων αλλάζει, καθώς οι κάτοικοι μένουν σε ξεχωριστές γειτονιές (μαχαλάδες) ανάλογα με τη θρησκεία τους. Οι περιηγητές περιγράφουν με εντυπωσιασμό τις πλούσιες αρχοντικές κατοικίες της Θήβας και της Λιβαδειάς, τους ολάνθιστους κήπους και τις κρήνες, όπου όμορφες κοπέλες πλένουν
ασπρόρουχα.
Στα πολύβουα παζάρια πωλούνται κάθε είδους προϊόντα, ενώ πολυτελή κεραμικά σκεύη εισάγονται από Ιταλία και Μικρά Ασία.