Από τις εκκλησίες των βράχων, υπόσκαφες ονομάζονται εκείνες που διαμορφώθηκαν με την αφαίρεση μάζας από τους φυσικούς βράχους της σπηλιάς, όπως έγινε στη Σαντορίνη. Σπηλαιώδεις λέγονται όσες διαμορφώθηκαν προσθετικά, δηλαδή με το χτίσιμο τοίχων, τέμπλου ή άλλων τμημάτων. Χαρακτηριστικά παραδείγματα: η εκκλησία της Αγίας Ελεούσας στη λακωνική Μάνη, η εκκλησία μέσα στη σπηλιά του Νταβέλη στην Πεντέλη, ο Άγιος Αθανάσιος στη Σκύρο κ.ά. Αναγκαστικά, ο θάλαμος της σπηλιάς υπαγορεύει κάποιες αποκλίσεις. Η θέση της Πρόθεσης είναι η μόνη που τηρείται αυστηρά. Εκτός από τους διωγμούς των χριστιανών ή την ηθελημένη απομόνωση αναχωρητών, οι εικόνες που έκρυβαν όσοι καταδιώκονταν από επιδρομείς και έβρισκαν καταφύγιο σε σπηλιές (σπήλαιο «Εικονίσματα» στην Εύβοια), οδήγησαν και αυτές στη δημιουργία εκκλησιών. Εικόνες σε σπηλιές έφερναν και οι βοσκοί. Οι περισσότερες υπόσκαφες και σπηλαιώδεις εκκλησίες βρίσκονται στο Αιγαίο και την Πελοπόννησο, σε τόπους που επέδραμαν πειρατές. Περιγράφονται τρεις από τις εκκλησίες που ιδρύθηκαν σε αρχαία λατρευτικά άντρα.
1. Σπήλαιο Αγίου Χριστοδούλου, Λίμνη Ευβοίας. Αυτή η μεικτή, υπόσκαφη και σπηλαιώδης εκκλησία χρονολογείται γύρω στα 1102.
2. Άγιος Νικόλαος στα Πουριά, Σκύρος. Εκκλησία που μετατράπηκε σε μεικτού τύπου, υπόσκαφη σε πελεκημένο βράχο από ασβεστιτικό ψαμμίτη, το οικοδομικό υλικό των Σκυριανών. Χρονολογείται πριν από το 1806.
3. Άγιος Αθανάσιος Αθωνίτης στα Παγιά Σκύρου. Καθαρά σπηλαιώδης εκκλησία. Μεγάλες λαξεμένες πέτρες από ελληνιστικά τείχη έχουν χρησιμοποιηθεί στους τοίχους της. Ίσως ο άγιος Αθανάσιος το 10ο αιώνα έφτιαξε στη σπηλιά μια εκκλησία που το 1602 τη γκρέμισαν για να φτιάξουν τη σημερινή.