Οι πρώτοι Κρήτες μπήκαν στο Ιδαίο Άντρο στην Ύστερη Νεολιθική εποχή. Πρόκειται για μια τεράστια σπηλιά στον Ψηλορείτη μήκους 40 και πλάτους 50 μ. Από τη Μεσομινωική περίοδο (ΜΜΙΑ) προέρχεται μικρό λίθινο τριβείο, δείγμα ότι η σπηλιά χρησίμευσε ως κατοικία. Βρέθηκαν αγγεία, κύπελλα και πρόχοι, η μία χαρακτηριστική της τεχνικής barbitine. Στη Μεσομινωική περίοδο η παρουσία στη σπηλιά μοιάζει να ελαττώνεται. Στο τέλος των μεσομινωικών και στην αρχή των υστερομινωικών χρόνων η ανθρώπινη παρουσία εμφανίζεται εξατομικευμένη. Αυτό λέει η σφραγίδα από αχάτη, ένθετη σε σφραγιστικό δαχτυλίδι, με την παράσταση αντιλόπης με το νεογνό της. Στην Υστερομινωική περίοδο το Ιδαίον Άντρο γνωρίζει την πρώτη του ακμή: μικροαντικείμενα, χάντρες, χάλκινα ειδώλια ζώων. Λίθινες τράπεζες προσφορών ή κέρνοι, πήλινοι δίσκοι όπως αυτοί από το ναό με την ανθρωποθυσία στις Αρχάνες σχετίζονται με τη λατρεία του μινωίτη θεού της βλάστησης τον οποίο διαδέχτηκε ο έλληνας Δίας. Η πρώτη λατρεία του Δία πρέπει να αναχθεί στη μυκηναϊκή φάση. Εκτός από τα πολλά αγγεία, κυρίως κύπελλα, βρέθηκαν πλήθος λατρευτικά ειδώλια ζώων συγκρίσιμα μόνο με το είδωλο της Αγίας Τριάδας και μήλο ξίφους από ορεία κρύσταλλο, όπως αυτά από τους τάφους των Μυκηνών.
Πασίγνωστα είναι τα χάλκινα αναθήματα των γεωμετρικών χρόνων από την ανασκαφή του Federico Halbherr. Από τη μικροτεχνία ξεχωρίζουν το χρυσό περίτμητο έλασμα με τις αντίνωτες μορφές δύο πολεμιστών από το δεύτερο μισό του 8ου αιώνα π. Χ. και τα σπουδαία ελεφαντουργήματα βορειοσυριακής προέλευσης του 8ου αιώνα π.Χ. Από τη Φοινίκη έχει εισαχθεί περίτμητο πλακίδιο με έξεργη ανάγλυφη παράσταση σφίγγας. Αφιερώματα αριστοκρατών είναι πέντε ελεφάντινες σφραγίδες διακοσμημένες στη μία όψη με γραμμικά θέματα και στην άλλη με εικόνα ανθρώπου με άλογο. Την κρητική ακμή της τέχνης του 7ου αιώνα π.Χ. δείχνει χάλκινη φιάλη με παράσταση ταύρων αλλά και πλήθος μικροτεχνήματα, όπως το κεφάλι περόνης με δύο αντίνωτες γυναικείες κεφαλές με ψηλό πόλο ή το επίσης ελεφάντινο πλακίδιο με τη φτερωτή πότνια θηρών. Το έργο αυτό υποδηλώνει τη σπουδαιότητα του ιερού και το συσχετίζει με το Ηραίο της Σάμου και το Αρτεμίσιο της Εφέσου.
Στην ανασκαφή του 1984 βρέθηκε η πρώτη νέα ακέραιη ασπίδα με ανάγλυφη απόδοση γρυπών και σφιγγών που φαίνεται πως ήταν ανάθημα κρεμασμένο σε δέντρο, όπως συνηθιζόταν, έξω από το Ιδαίον Άντρο. Από την κλασική εποχή έχουμε την ένδειξη για τις πρώτες αρχιτεκτονικές διαρρυθμίσεις, τις απαραίτητες για την άσκηση της λατρείας. Πλήθος αναθήματα μαρτυρούν τη λατρευτική χρήση της σπηλιάς και στους ελληνιστικούς χρόνους, παράδειγμα το δαχτυλίδι από σάρδιο με την Ίσιδα-Τύχη. Στη Ρωμαϊκή εποχή το Ιδαίον Άντρον γνωρίζει την τελευταία του μεγάλη άνθηση.
Μέρος της έρευνας περιλαμβάνει και τον περιβάλλοντα χώρο του Άντρου. Από τις διαπιστωμένες αρχαίες θέσεις αξιομνημόνευτη είναι η Ζώμινθος, όπου αποκαλύφθηκε καλοχτισμένο κτίριο του 16ου αιώνα π.Χ., το μεγαλύτερο από οποιοδήποτε ως σήμερα γνωστό μινωικό μέγαρο.