Η επιστήμη της Αρχαιολογίας δεν μπορεί πια να αγνοεί όσους προπαγανδίζουν ότι η μητριαρχία είναι μια περίοδος της προϊστορίας. Ιστορική αφορμή αυτής της θεωρίας υπήρξε η ανακάλυψη, τον 18ο αιώνα, των «εξωτικών» λαών που εφήρμοζαν το μητρικό δίκαιο. Η θεωρία συνδέεται άρρηκτα με τη μορφή του Ελβετού Bachofen (1815-1887) που, στο βιβλίο του για το Μητρικό Δίκαιο και στο πλαίσιο μιας εξελικτικής θεωρίας της ανθρωπότητας, βλέπει τη μητριαρχία και την πατριαρχία ως το πέρασμα από την αρχέγονη ύλη στο πνεύμα. Η επίδρασή του ανιχνεύεται στην Καταγωγή της Οικογένειας του Ένγκελς. Στη μελλοντική ουτοπία προς την «πορεία της λύτρωσης όλων των καταπιεσμένων», οι θεωρητικοί του σοσιαλισμού συμπεριέλαβαν και τις γυναίκες. Η μητριαρχία ως χειραφέτηση υπήρξε εφιάλτης για τους Γερμανούς εθνικοσοσιαλιστές, που την παρέκαμψαν μέσω της λατρείας της μητρότητας. Στη δεκαετία του ’70, στις ΗΠΑ και τη Γερμανία, αναπτύσσεται ο «σπιριτουαλιστικός φεμινισμός» με οικολογικές ανησυχίες, ρεύμα που, την επόμενη δεκαετία, μετεξελίχθηκε σε ένα είδος «θρησκείας της γυναίκας».
Οι έρευνες για τη μητριαρχία επικαλέστηκαν και αρχαιολογικές πηγές χωρίς να διστάσουν να γενικεύσουν τα αρχαιολογικά πορίσματα. Στη χρονική διάρκεια της ευρωπαϊκής παλαιολιθικής περιόδου, ειδώλια σαν την Αφροδίτη του Willendorf, την υποτιθέμενη θεά που ενσαρκώνει τη «μητέρα γη», όχι μόνο αποτελούν εξαίρεση αλλά δεν αποτελούν καν πρότυπο για τις γυναικείες μορφές που εμφανίζουν μεγάλη ποικιλομορφία. Ο νεολιθικός οικισμός του Çatalhöyük αναδείχθηκε σε κλασικό υπόδειγμα μητριαρχικής πόλης. Καταλυτικός υπήρξε ο ρόλος της προϊστορικής αρχαιολόγου Marija Gimbutas που, με συναισθηματική φόρτιση, μετέφρασε τη «γλώσσα της θεάς». Συμφύροντας διάφορες επιστήμες, με τη μέθοδο της «Αρχαιο-μυθολογίας» της κατέληξε στη θεωρία της Μεγάλης Θεάς που αντιπροσώπευε το σύμπαν και είχε τρεις διαστάσεις: τη γονιμότητα, το θάνατο και την ανανέωση. Λίγα μόνο νησιά της Μεσογείου, λέει, διατήρησαν τον μητριαρχικό πολιτισμό ως το 1500 π.Χ. Ανάμεσά τους, η Κρήτη. Στα ανάκτορα της Κνωσού, που με ρομαντική διάθεση αναστήλωσε ο Evans, οι τοιχογραφίες που ανακατασκεύασαν δύο Ελβετοί, «art nouveau» ζωγράφοι, κρύβουν ερμηνευτικές παγίδες. Ξεπερασμένα συμπεράσματα ανασύρονται προκειμένου να αποδειχθεί ότι η μινωική Κρήτη υπήρξε το τελευταίο οχυρό της μητριαρχίας.
Ελλείψει γραπτών πηγών, η αμφισημία των προϊστορικών ευρημάτων ισοπεδώνεται από μια θεωρία που αναζητεί σε αυτά «αποδείξεις» ενός οικουμενικού μητριαρχικού προτύπου. Ανάμεσα στην απόδειξη που απαιτεί η αρχαιολογία και την διαισθητική γνώση που επικαλείται η θεωρία της μητριαρχίας δεν μπορεί να υπάρξει συμβιβασμός. Ωστόσο, μπορούν να βρεθούν σημεία επαφής. Παράδειγμα: ο υπεύθυνος του προγράμματος για το Çatalhöyük αντιμετώπισε συχνά στο Internet γυναίκες «who believe the site is important in the emergence of the Goddess», και από τον Ιανουάριο του 1998 συνδιαλέγεται μέσω του ηλεκτρονικού ταχυδρομείου με μια εκπρόσωπο της «Goddess community».