Σε σύγκριση με τον συνολικό αριθμό των σωζόμενων βυζαντινών ναών, ο αριθμός των ηλιακών ρολογιών της Ελλάδας που βρίσκονται σε εκκλησίες είναι ελάχιστος. Τα ρολόγια αυτά, που καταγράφονται ως σπαράγματα, είναι όλα κατακόρυφα επίπεδα ρολόγια, με προορισμό να τοποθετηθούν σε νότιους τοίχους, σε αντίθεση με τα αρχαία ηλιακά ρολόγια, ημικυκλικά ή κωνικά, που προορίζονταν να στέκονται αυτόνομα στο χώρο. Άλλη μια διαφορά είναι ότι στα αρχαία ρολόγια σημειώνονταν η τρίτη, η έκτη και η ένατη ώρα και ποτέ δεν σημειωνόταν με αριθμό η κάθε ώρα, όπως συμβαίνει με τα περισσότερα βυζαντινά ρολόγια. Τέλος, τα αρχαία ρολόγια διαιρούσαν τη φωτεινή περίοδο της ημέρας σε δώδεκα ώρες, ενώ τα βυζαντινά παρουσιάζουν ποικιλία διαιρέσεων: 11, 12 και 13 ώρες.
Φαίνεται ότι υπάρχουν ουσιαστικά μόνο δύο βυζαντινοί ναοί στην Ελλάδα με ηλιακά ρολόγια που είναι αναμφίβολα σύγχρονα των κτηρίων πάνω στα οποία βρίσκονται: της Παναγίας Σκρίπου (9ος αιώνας) και της Κοίμησης της Θεοτόκου στον Μέρμπακα (τέλη του 13ου αιώνα). Ο μικρός αριθμός των ηλιακών ρολογιών υποδηλώνει ότι αυτά δεν ήσαν συνηθισμένο μέρος του αρχιτεκτονικού λεξιλογίου των ναών, όπως σαφέστατα συμβαίνει στη μεσαιωνική Δύση.
Το ηλιακό ρολόι εμφανίζεται στη δυτική τέχνη το Μεσαίωνα, συσχετισμένο με την ιστορία του βασιλιά Εζεκία. Εν τω μεταξύ, στη Δύση αλλάζει και η στάση απέναντι στον καθημερινό χρόνο σε σχέση με την εργασία. Μέσα σε μια «θεολογία της εργασίας», όπως την αποκαλεί ο Le Goff, όλο και περισσότερα επαγγέλματα κρίνονταν άξια χρηματικής αμοιβής και ήταν έντιμο ο χρόνος να εξαγοράζεται. Γλυπτά με ημεροδείκτες που απεικόνιζαν τις εργασίες των μηνών φιλοτεχνούνταν πάνω στις προσόψεις των ναών ενώ υπήρχαν και ηλιακά ρολόγια συνδυασμένα με αγγέλους, όπως αυτό του 13ου αιώνα στον καθεδρικό ναό της Παναγίας στην Αμιένη, το οποίο ήταν στην πραγματικότητα ενδείκτης των εργάσιμων ωρών, παρουσιασμένος μέσα στα εκκλησιαστικά συμφραζόμενα της εποχής.
Στο Βυζάντιο, η τετρακτύς της Αστρονομίας, Μαθηματικών, Γεωμετρίας και Μουσικής εθεωρείτο ειδωλολατρικός κλάδος σπουδών. Επιπλέον, όσοι ενδιαφέρονταν για την Αστρονομία ασχολούνταν με τις εγκυκλοπαιδικές συμπιλήσεις έργων του παρελθόντος και όχι με πρακτική παρατήρηση, νέους υπολογισμούς ή νεοτερικές εφαρμογές της συσσωρευμένης γνώσης τους. Ακόμη και ο Θεόδωρος Μετοχίτης, στο μνημειώδες έργο του Στοιχεία Αστρονομίας (14ος αιώνας), λέγεται ότι προσπάθησε απλά να κατανοήσει και να εξηγήσει τα αρχαία κείμενα. Ηλιακά ρολόγια εμφανίζονται σε εικονογραφήσεις βυζαντινών χειρογράφων της ιστορίας του Εζεκία, αλλά δεν είναι τα ημικυκλικά ρολόγια των δυτικών μεσαιωνικών μικρογραφιών. Στα μοναστήρια η τήρηση του χρόνου επιτυγχανόταν μάλλον με υδραυλικά ρολόγια, όπως συνέβαινε και στη Δύση.
Η διαφορά στον αριθμό των ηλιακών ρολογιών που σώζονται στους ναούς της λατινικής Δύσης και στους ναούς της ορθόδοξης Ανατολής πιθανότατα αντανακλά με ακρίβεια το γεγονός ότι στον ορθόδοξο κόσμο τα ρολόγια πάνω σε κτίσματα θρησκευτικού χαρακτήρα θεωρούνται περιττά ή ακόμη και απρεπή.
Ωστόσο τα ρολόγια της Σκρίπου και του Μέρμπακα συνιστούν την εξαίρεση. Ο ναός της Σκρίπου σχεδιάστηκε πιθανότατα ως ταφικό μνημείο του χορηγού του, οπότε το ηλιακό ρολόι, διακοσμημένο με παγώνια, αναφέρεται στην αιώνια ζωή. Επίσης, εξαιτίας των δέκα μόνο γραμμών που είναι χαραγμένες, αποτελεί ίσως μια πιο συγκεκριμένη αναφορά στην ιστορία του Εζεκία. Ο ναός του Μέρμπακα πιθανότατα δεν ήταν ορθόδοξος αλλά καθολικός ναός. Η χρονολόγησή του συμπίπτει με τη θητεία του William του Moerbeke ως δομηνικανού αρχιεπισκόπου της Κορίνθου. Ανάμεσα στις μεταφράσεις αυτού του φιλέλληνα, το έργο του Πτολεμαίου Περί αναλήμματος εξηγεί πώς κατασκευάζεται ένα ηλιακό ρολόι.
