Από 28 Αυγούστου μέχρι 14 Σεπτεμβρίου, η επιστημονική ομάδα της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων και του αμερικάνικου Ωκεανογραφικού Ινστιτούτου Woods Hole, η οποία ερευνά το Ναυάγιο των Αντικυθήρων, ολοκλήρωσε μία δεύτερη ανασκαφική αποστολή εντός του ιδίου έτους. Κατά τη διάρκεια της έρευνας εντοπίστηκαν και ανελκύστηκαν, μεταξύ άλλων μικροαντικειμένων και κεραμικής, σκελετικά κατάλοιπα (κρανίο, μακρά και μικρότερα οστά) ατόμου που είχε εγκλωβιστεί στο ναυάγιο κατά τη βύθισή του. Οστά από τουλάχιστον τέσσερα διαφορετικά άτομα είχαν ήδη εντοπιστεί στο ναυάγιο κατά τις έρευνες των ετών 1900-1901 και 1976. Η θέση των οστών και η σχέση τους με τα άλλα ευρήματα πλησίον τους φανερώνουν τον βίαιο τρόπο με τον οποίο βυθίστηκε το πλοίο. Επιπροσθέτως οι προγραμματιζόμενες ανθρωπολογικές και γενετικές (DNA) αναλύσεις αναμένεται να δώσουν στοιχεία για τον ίδιο τον νεκρό, δηλαδή το φύλο και την ηλικία θανάτου, και να συμβάλουν στην ανασύνθεση του τρόπου ζωής του.

Σημαντικό εύρημα θεωρείται και η ανεύρεση μιας μολύβδινης καταπειρατηρίας, βάρους 50 κιλών. Πρόκειται για αντικείμενο σχήματος κολουρο-ημισφαιρικού, που εμφανίζει κωδωνόσχημη τομή λόγω κοίλανσης στο εσωτερικό της βάσης του. Στην επίπεδη άνω όψη υπάρχουν δύο μικρές τετράγωνες εγκοπές για το στέλεχος ανάρτησής του. Βάσει των χαρακτηριστικών του, το αντικείμενο ταυτίζεται με βολίδα για τη μέτρηση του βάθους του θαλασσίου βυθού και τον έλεγχο της φύσης του. Τη δειγματοληψία από το βυθό εξυπηρετούσε η κοίλανση στη βάση με τους ήλους από σίδερο ή χαλκό, που παγίδευαν λασπώδη άμμο, λίθους και ιζήματα, αποκαλύπτοντας την ιδιαίτερη χρησιμότητα του αντικειμένου για την περίπτωση ελιγμών ή αγκυροβολίας. Αυτό το ταπεινό εργαλείο θεωρείται ζωτικής σημασίας για την ασφαλή ναυσιπλοΐα κατά την αρχαιότητα. Οι παλαιότερες καταπειρατηρίες χρονολογούνται τουλάχιστον από τον 6ο π.Χ. αιώνα. Στο ναυάγιο έχει βρεθεί μία ακόμα καταπειρατηρία κατά τις έρευνες των ετών 1900-1901.

Με αφορμή τα αποτελέσματα της δεύτερης φάσης της υποβρύχιας έρευνας στα Αντικύθηρα για το έτος 2016, η Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων έχει να παρουσιάσει και την ολοκλήρωση των νέων εξειδικευμένων και υπερσύγχρονων Εργαστηρίων της στην οδό Προπυλαίων, εργασίες που υλοποιήθηκαν χάριν στην ευγενική υποστήριξη του Ιδρύματος Αικατερίνης Λασκαρίδη, ενός εκ των σημαντικότερων χορηγών της έρευνας αυτής, και με κύριο στόχο τη σύντομη και αποτελεσματικότερη συντήρηση των ευρημάτων του σημαντικού αυτού ναυαγίου.

Η έρευνα των Αντικυθήρων τελεί υπό την αιγίδα της Προεδρίας της Ελληνικής Δημοκρατίας και η χρηματοδότησή της έγινε από πόρους που εξασφάλισε το Ωκεανογραφικό Ινστιτούτο του Woods Hole.