Τη βιομηχανική κληρονομιά της Σύρου, παράλληλα με τις ιστορικές, οικονομικές και κοινωνικές συγκυρίες που τη δημιούργησαν και άφησαν το αποτύπωμά τους στη συλλογική μνήμη, στοχεύει να παρουσιάσει η νέα έκθεση του Βιομηχανικού Μουσείου Ερμούπολης. Και μαζί με αυτήν, την ανάδειξη, μέσα από τα αντικείμενα, του ρόλου του ανθρώπου στις παραγωγικές διαδικασίες, τόσο ατομικά όσο και συλλογικά ως παράγοντα διαμόρφωσης συγκεκριμένων δεδομένων.
Άλλωστε και ο επισκέπτης θα βιώνει σε κάθε σημείο της έκθεσης, που εγκρίθηκε από το Συμβούλιο Μουσείων του υπουργείου Πολιτισμού, την αλλαγή της ατμόσφαιρας στις διάφορες εποχές μέσα από τη δημιουργία ειδικού περιβάλλοντος.
Περισσότερα από 500 παλαιά μηχανήματα, εργαλεία και άλλα αντικείμενα που αποκτήθηκαν κυρίως από δωρεές επιχειρήσεων και ιδιωτών της Σύρου, του Πειραιά και της Αθήνας και προέρχονται από όλους τους κλάδους της συριανής βιομηχανίας κατέχει το Μουσείο. Η συλλογή περιλαμβάνει επίσης χάρτες, πρωτότυπα αρχιτεκτονικά και πολεοδομικά σχέδια της νεοκλασικής Ερμούπολης, τεχνικά σχέδια πλοίων, ζωγραφικούς πίνακες συριανών ζωγράφων του 19ου αι., ομοιώματα πλοίων κ.ά. Όλα άλλωστε προέρχονται από μία εποχή, τον 19ο αιώνα, όταν στη Σύρο συντελέστηκε ένα σημαντικό φαινόμενο, ένα οικονομικό θαύμα, το οποίο βέβαια ήταν στενά συνυφασμένο με τις ιστορικο-κοινωνικές συνθήκες της εποχής αλλά και με την τότε πολιτική και οικονομική συγκυρία.
Το εκθεσιακό υλικό αφηγείται ιστορίες που είναι εύληπτες και ταυτόχρονα ανοιχτές σε εναλλακτικές ερμηνείες και διαρθρώνεται σε τέσσερις ενότητες: «Από τη Σύρο στην Ερμούπολη» είναι ο τίτλος της πρώτης όπου γίνεται η βιωματική μύηση του επισκέπτη στο φαινόμενο της «εμφύτευσης» μιας εμπορικής πόλης σε έναν γεωργοκτηνοτροφικό χώρο. Ακολουθεί «Το σταυροδρόμι της Ανατολικής Μεσογείου (1821-1875)» όπου παρουσιάζεται η διαδικασία ίδρυσης της Ερμούπολης και η διαμόρφωσή της ως κατεξοχήν εμπορικού κέντρου με την είσοδο των προσφύγων, τις οικονομικοκοινωνικές αναγκαιότητες που προέκυψαν και τις ιδεολογικές ζυμώσεις που ακολούθησαν. Η ενότητα «Εκβιομηχάνιση και Κοινωνικές Ανατροπές (1875-1930)» είναι η επόμενη με την προβολή της τελευταίας αναλαμπής της παραδοσιακής επιχειρηματικότητας και τις κοινωνικές αλλαγές που επέφερε ο κλάδος της κλωστοϋφαντουργίας. Και τέλος «Το Νεώριο και η Βιομηχανική Ζώνη» παρουσιάζει τον βιομηχανικό χώρο της Ερμούπολης με έμφαση στην παραγωγική δραστηριότητα του πρόσφατου παρελθόντος.
Το Μουσείο εγκαινιάστηκε το 2000 στο κτήριο του παλαιού Χρωματουργείου Κατσιμαντή που είχε περιέλθει στον Δήμο Ερμούπολης για το σκοπό αυτό, ενώ στα χρόνια που ακολούθησαν, τρία ακόμη βιομηχανικά κτίρια προστέθηκαν: Το Σκαγιοποιείο Αναιρούση, που αποτελεί «μουσείο του εαυτού» του και εγκαινιάστηκε το 2010, το Βυρσοδεψείο Κορνηλάκη-Δενδρινού, στον όροφο του οποίου φιλοξενείται η Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Αιγαίου και το Υφαντουργείο Βελισσαρόπουλου, όπου έχει οργανωθεί το εργαστήριο συντήρησης και η αποθήκη του μεγαλύτερου τμήματος της συλλογής.
Για τη λειτουργία του Μουσείου είχε υπογραφεί Προγραμματική Σύμβαση μεταξύ του ΥΠ ΠΟ και του Δήμου Ερμούπολης.