Ενότητα 13: Φράγκοι και Βενετοί στη Βοιωτία.
Στις προθήκες 205 και 207 παρουσιάζονται νομίσματα του νομισματοκοπείου της Θήβας αλλά και των υπόλοιπων κρατών που κυκλοφορούν στην περιοχή, ενώ στην προθήκη 208 «θησαυροί» που απηχούν τις συνθήκες ανασφάλειας που επικρατούν στη Βοιωτία λόγω των συνεχών πολεμικών συγκρούσεων της περιόδου.
Τέλος, στο βάθρο 149 εκτίθενται πήλινα σκεύη, τοπικής παραγωγής και εισηγμένα, που αντανακλούν την οικονομική ευμάρεια της περιοχής, καθώς επίσης λειτουργικά σκεύη τόσο του ορθόδοξου, όσο και του καθολικού δόγματος.