Κατά τη διάρκεια της ελληνιστικής περιόδου, η οποία σημαδεύεται αρχικά από τη μακεδονική κυριαρχία και στη συνέχεια από τη ρωμαϊκή, η Βοιωτία αποσύρεται σταδιακά από το προσκήνιο, συνεχίζοντας ωστόσο να αποτελεί θέατρο σημαντικών πολεμικών αντιπαραθέσεων.
Ο επισκέπτης, συνεχίζοντας την πορεία του εισάγεται στην αίθουσα των ελληνιστικών χρόνων, όπου συναντά το μαρμάρινο γυναικείο κεφάλι του 3ου αιώνα π.Χ. από τη Λιβαδειά (βάθρο 69). Η περιήγηση ξεκινά από αριστερά με αντικείμενα που σχετίζονται
με την πολιτειακή οργάνωση, όπως η στήλη με ονόματα των νέων Θεσπιέων, οι οποίοι ολοκλήρωσαν τη στρατιωτική τους θητεία κατά το έτος του άρχοντος του Κοινού των Βοιωτών Ισμηνία (βάθρο 71), το μολύβδινο σταθμίο από το ιερό του Ποσειδώνα στην Ογχηστό (Προθ. 152) και ο ετήσιος απολογισμός του ιππάρχου Πομπίδα (βάθρο 73).
Με οξυπύθμενους εμπορικούς αμφορείς από τη Χίο, την Κω και την Αττική στο βάθρο 74 και τις λιγοστές οικονομίες ενός παιδιού από τη Θήβα (Προθ. 153) παρουσιάζονται θέματα οικονομίας και εμπορίου.
Στην Προθήκη 157 παρουσιάζονται αντικείμενα που σχετίζονται με τη μουσική και το χορό, ενώ στο βάθρο 80 εκτίθεται επιζωγραφισμένο ψηφιδωτό δάπεδο από τη Θήβα με παράσταση αυλητή, νικητή μουσικών αγώνων.