Η μελέτη των φυτολίθων και των σφαιρουλιτών από τα ιζήματα της Αλεπότρυπας στοχεύει πρωτίστως στην αναγνώριση των ειδών των φυτών που οι Νεολιθικοί άνθρωποι έφεραν στο σπήλαιο και στον εντοπισμό της κοπριάς, προκειμένου να δώσει απαντήσεις σε ερωτήματα όπως: α) τον ρόλο των φυτών ανά χώρο και στα εκάστοτε αρχαιολογικά συμφραζόμενα και τη σύνδεσή τους με τις ανάγκες αλλά και τις πρακτικές διαβίωσης, β) τη χρήση του χώρου στις διαφορετικές αίθουσες, και γ) τη διάρκεια, την ένταση αλλά και την πιθανή εποχικότητα χρήσης του σπηλαίου.