Η Ελλάδα άρχισε να αναδύεται από το βυθό μιας απέραντης θάλασσας, της Τυθής, στη διάρκεια της αλπικής ορογένεσης. Πλούσιο απολιθωματοφόρο στρώμα στο Πικέρμι της Αττικής, που πηγαίνει πίσω στα 9 εκατομμύρια έτη, αποκαλύπτει την ύπαρξη διάφορων ζώων: αλογάκι με τρεις οπλές στο κάθε πόδι, Γαζέλα η βραχύκερος, Χαλικοθήριο το γκολντφούσιο, Αγκυλοθήριο το πεντελικό, Μαχαιρόδους ο αφανιστής και άλλα πολλά. Παράλληλα, η Ελλάδα βρίθει από μεγάλα προβοσκιδωτά ζώα, όπως είναι ο Χοιρολοφόδων ο πεντελικός, ο Βουνολοφόδων ο μακρόρυγχος, ο Άναγκος ο αρβερνέσιος, το Δεινοθήριο το γιγάντιο κ.ά. Την ίδια περίοδο πάντα, την Πλειόκαινο (12-2 εκατομμύρια χρόνια πριν), φύονται γιγάντια κωνοφόρα: Σεκοϊάδενδρο, Κεδρόξυλο, Γλυπτόστροβος, Άλνος, Σασσαφράς κ.ά. Στο Πλειστόκαινο, χλωρίδα και πανίδα στην Ελλάδα αλλάζουν. Κάποια είδη εξαφανίζονται, νέα είδη όπως ο Τριχωτός Ρινόκερος και το Τριχωτό Μαμούθ κάνουν την εμφάνισή τους. Στα νησιά του Αιγαίου δημιουργούνται νάνες μορφές ελεφάντων, ρινόκερων και ιπποπόταμων. Υπήρχαν όμως και ζώα με μορφή που θυμίζει τα αντίστοιχα σημερινά, πρόγονοι των λιονταριών και των αγελάδων, βίσωνες, πάνθηρες, λύγκες, αρκούδες, αγριογούρουνα. Εγκαταλείποντας τη ζωή του κυνηγού-τροφοσυλλέκτη για να ασχοληθούν με τη γεωργία και την κτηνοτροφία, οι άνθρωποι της Νεολιθικής περιόδου άρχισαν να εξοντώνουν τα ζώα, με πρώτα τα μαμούθ και τους νάνους ελέφαντες του Αιγαίου. Σταδιακά χάθηκαν οι βίσωνες, οι λεοπαρδάλεις, τα λιοντάρια και άλλα μεγάλα θηλαστικά. Ωστόσο, την ύπαρξη λιονταριών μαρτυρούν πηγές του 2ου αιώνα μ.Χ., ενώ σε παραστάσεις αγγείων και ψηφιδωτών απεικονίζονται με μεγάλη πιστότητα λεοπαρδάλεις και γατόπαρδοι.