Ο ναός San Salvatore, άλλοτε καθολικό της μονής των Φραγκισκανών, στεγάζει σήμερα τη Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή συλλογή στα Χανιά. Την παλαιοχριστιανική περίοδο σκιαγραφούν τμήμα ψηφιδωτού δαπέδου από το Καστέλι Κισσάμου, κιονόκρανα, θωράκια και επιτύμβιες επιγραφές. Η δεύτερη βυζαντινή περίοδος αντιπροσωπεύεται κυρίως από αποτοιχισμένες τοιχογραφίες. Οι περισσότερες προέρχονται από το ναό της Αγίας Βαρβάρας στα Λατζιανά Κισσάμου (11ος αιώνας), ενώ δυο αποτμήματα τοιχογραφιών είναι έργα του ζωγράφου Θεόδωρου Δανιήλ Βενιέρη (1292). Από την περίοδο της Ενετοκρατίας εκτίθενται αρχιτεκτονικά γλυπτά και εικόνες (15ος-17ος αιώνας), από τις οποίες ξεχωρίζει έφιππος Άη Γιώργης δρακοντοκτόνος, έργο του Εμμανουήλ Τζάνε. Αξιόλογη είναι η συλλογή με μολυβδόβουλα και νομίσματα. Στα αντικείμενα μεταλλοτεχνίας ανήκει σπάνιο αγγείο ισλαμικής τέχνης του 10ου αιώνα.