Το Ανατολικόν Ιλλυρικόν με την περιοχή της Μακεδονίας ήταν κατοικημένο από ισχυρές φυλές, οργανωμένες εθνικά και πολιτικά έτσι ώστε να συνιστούν ένα ξεχωριστό αλλά και συνυφασμένο σύνολο. Το 168 π.Χ., ή ακριβέστερα το 146 π.Χ., περιήλθαν στην ηγεμονία της Ρώμης. Εκείνη την εποχή η Μακεδονία ήταν χωρισμένη σε τέσσερις επαρχίες.
Από το β΄μισό του 2ου αιώνα η Ρωμαϊκή αυτοκρατορία και τα αστικά της κέντρα ζούσαν υπό την απειλή βαρβαρικών επιδρομών από το βορρά. Σε ολόκληρο το Ιλλυρικόν και τη Μακεδονία αρχίζει η αποκατάσταση των πόλεων και των οχυρών που είχαν παραμεληθεί κατά τους ειρηνικούς χρόνους. Το γεγονός αυτό επηρεάζει την αστική οργάνωση των πόλεων.
Για να επανδρωθούν οι μονάδες που φύλαγαν τα οχυρά στις γραμμές του Δούναβη, στρατολογήθηκαν άντρες από απομακρυσμένες ανατολικές επαρχίες, γεγονός που συνέβαλε στην ταχεία ανάπτυξη της λατρείας των ανατολικών θρησκειών. Εκεί οφείλεται η άνοδος του ελληνικού και του ρωμαϊκού πολυθεϊσμού στο Ιλλυρικόν.
Ο Χριστιανισμός άρχισε να διαδίδεται εν μέσω μιας εξαιρετικά σύνθετης πολιτικής και θρησκευτικής συγκυρίας για ολόκληρη τη Ρωμαϊκή αυτοκρατορία, επομένως και για τη Μακεδονία. Την εμφάνισή του έκανε πολύ νωρίς. Σύμφωνα με γραπτές πηγές, η ιεραποστολική δραστηριότητα του Αποστόλου Παύλου ξεπέρασε τις διάφορες μεσογειακές χώρες, φτάνοντας και στα σύνορα του Ιλλυρικού.
Η ελεύθερη και ειρηνική διάδοση του Χριστιανισμού διακόπηκε αιφνίδια το 64 μ.Χ. Η χρονιά αυτή σηματοδοτεί την απαρχή οργανωμένων και σκληρών διώξεων που, με ελάχιστες παύσεις, συνεχίστηκαν έως το 313 μ.Χ., όταν ο Κωνσταντίνος ο Α΄ προκήρυξε την ανοχή στον Χριστιανισμό.
Μετά την επιβολή της θρησκευτικής ειρήνης, ο Χριστιανισμός άρχισε να εκπροσωπεί μια εξωστρεφή εκδήλωση ισχύος την οποία ασκούσε το ίδιο το κράτος. Στις πόλεις οι επίσκοποι είχαν ίση δύναμη με τους υπερασπιστές του κράτους (defensor civitatis). Κάθε πολιτεία ή πόλη είχε έναν επίσκοπο που ήταν το πρόσωπο με τη μεγαλύτερη επιρροή.
Κατά την περίοδο ανάμεσα στην εδραίωση της θρησκευτικής ειρήνης και το τέλος του 6ου αιώνα, η αποαστικοποίηση της αρχαίας πόλεως υπήρξε ραγδαία. Η Εκκλησία ήταν η μόνη που αναλάμβανε την πρωτοβουλία και την διεκπεραίωση δημόσιων κατασκευαστικών έργων.
Στην περιοχή της Μακεδονίας ανακαλύφθηκαν αρκετές παλαιοχριστιανικές επισκοπικές έδρες και χριστιανικοί ναοί. Πέρα από τις αστικές επισκοπικές έδρες, στο φως ήρθε και ένας σημαντικός αριθμός εκκλησιών που υπάγονταν στη δικαιοδοσία επισκόπων.
Τα μεγάλα παλαιοχριστιανικά εκκλησιαστικά κέντρα στη Μακεδονία είναι το Σκούπι, η Ηράκλεια η Λυγκηστική, η Λυχνιδός, η Μπαργκάλα, η Ζαπάρα, το Στόμπι, η Στρούμιτσα και η Prima Justiniana.
