Λειτούργησε για πρώτη φορά το 1825 με ελαιόλαδο, όταν τα νησιά του Ιονίου ήταν υπό την προστασία της Μεγάλης Βρετανίας.
Ο μηχανισμός του αντικαταστάθηκε το 1890 με εκείνον του φάρου της Λάκας ο οποίος λειτουργούσε με πετρέλαιο, εκπέμποντας σταθερό λευκό φως με ένα τομέα πράσινο και φωτοβολία 6 και 9 ναυτικά μίλια αντίστοιχα.
Εντάχθηκε στο Ελληνικό Φαρικό Δίκτυο το 1864 με την προσάρτηση των Επτανήσων.
Η λειτουργία του φάρου της Παναγίας διακόπηκε κατά την διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, ενώ το 1946 λειτούργησε και πάλι με πετρέλαιο ως επιτηρούμενος φάρος.
Το 1982 η λειτουργία του φάρου αυτοματοποιήθηκε και μετατράπηκε σε ηλιακό και επιτηρούμενο με χαρακτηριστικό μια αναλαμπή ανά 5” και φωτοβολία 10 ναυτικά μίλια.
Ο φάρος με την κατοικία των φαροφυλάκων βρίσκονται μέσα στην περίβολο της μονής και μπορεί κανείς να τον επισκεφθεί με σκάφος από τον Γάιο.