Ενότητα 14: Οι Οθωμανοί στη Βοιωτία.
Κατά την Ελληνική Επανάσταση του 1821 η Βοιωτία βρίσκεται στο επίκεντρο των συγκρούσεων και το 1829, με τη μάχη στα στενά της Πέτρας, απελευθερώνεται από τους Οθωμανούς.
Η ενότητα 14 ξεκινά με την Προθήκη 209 όπου εκτίθενται νομίσματα της Οθωμανικής αυτοκρατορίας μαζί με Βενετικά, κυρίαρχης δύναμης σε πολλές περιοχές του ελλαδικού χώρου. Στο βάθρο 150 παρουσιάζονται οθωμανικές επιτύμβιες στήλες και μια εβραϊκή από τη Θήβα.