Το λιμάνι των Κεγχρεών ήταν ένα από τα σημαντικότερα λιμενικά κέντρα της νοτιοανατολικής Ευρώπης.
Αποτελούσε το σταυροδρόμι για όσους διέσχιζαν τον Ισθμό και όσους ελλιμενίζονταν εκεί με πλοία από τα νησιά του Αιγαίου, τη Μικρά Ασία, την Κύπρο, την Συρία, την Παλαιστίνη και την Αίγυπτο.
Κατά τη διάρκεια της κλασικής περιόδου οι Κεγχρεές χρησιμοποιούνταν ως οχυρός λιμένας για τα πολεμικά πλοία των Κορινθίων. Λίγα είναι γνωστά για την ιστορία του λιμανιού κατά την ελληνιστική περίοδο. Το λιμάνι ήκμασε ιδιαίτερα κατά τα ρωμαϊκά και υστερορρωμαικά χρόνια (1ος-6ος αι. μ.Χ.) όταν και εξελίχθηκε σε μεγάλο εμπορικό κέντρο και πλαισιώθηκε από μεγάλο οικισμό. Ο Στράβωνας, ο Παυσανίας ο Απουλήιος, ο Φαβορίνος αλλά και η Καινή Διαθήκη αναφέρονται στην ποικιλία των θρησκευτικών και πολιτισμικών ιδιαιτεροτήτων που συναντούνταν στο λιμάνι αυτό, στη μεγαλοπρέπεια των κτισμάτων και στην ευμάρεια της τοπικής κοινωνίας.
Το λιμάνι επιβίωσε από τους μεγάλους σεισμούς της Ύστερης Αρχαιότητας αλλά οι καθιζήσεις του υπεδάφους προκάλεσαν την καταβύθιση σε βάθος μέχρι και 2 μέτρων των κτισμάτων που βρίσκονταν κατά μήκος της παραλίας. Ο οικισμός συνέχισε να υπάρχει ακμαίος μέχρι και τον 7ο μ.Χ. αιώνα. Στη συνέχεια παρακμάζει, ενώ μια σύντομη αναλαμπή του παρατηρείται κατά τα Μεσοβυζαντινά χρόνια.
Κατά τη ρωμαϊκή περίοδο η ημισεληνοειδής ακτή περικλειόταν από δύο μεγάλων διαστάσεων μόλους ή κυματοθραύστες, που δημιουργούσαν ένα ασφαλές καταφύγιο για τα ελλιμενιζόμενα πλοία. Οι ανασκαφές που διεξήχθησαν μεταξύ των ετών 1962-1969 από την Αμερικανική Σχολή Κλασικών Σπουδών υπό την διεύθυνση του Robert Scranton, αποκάλυψαν πυκνή δόμηση στις βάσεις των δύο μόλων. Στο νότιο μόλο ανασκάφηκαν αποθηκευτικοί χώροι, μια παλαιοχριστιανική βασιλική και ένα συγκρότημα δωματίων με σιντριβάνι, το οποίο ο ανασκαφέας ταύτισε με το ιερό της Ίσιδας.
Στο βόρειο μόλο ανασκάφηκε μεγάλο κτίριο με πολλά δωμάτια το οποίο ερμηνεύτηκε από τον Scranton ως ιερό της Αφροδίτης. Σύγχρονοι ερευνητές έχουν διαφωνήσει με την ταύτιση των δύο αυτών κτιρίων με ιερά και ερμηνεύουν το κτίριο του βόρειου μόλου ως πολυτελή παραθαλάσσια βίλα ενώ αυτό του νότιου μόλου ως νυμφαίο.
Το 1976 αμέσως δυτικά του λιμανιού και πολύ κοντά στην Εθνική Οδό Αθηνών-Επιδαύρου, η Ελληνική Αρχαιολογική Υπηρεσία ανέσκαψε ένα μεγάλο συγκρότημα κτιρίων εμπορικού ή οικιστικού χαρακτήρα.
Εκτός από τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα, η έρευνα στο χώρο του λιμανιού των Κεγχρεών αποκάλυψε πλούσια ευρήματα, ανάμεσά τους άφθονη κεραμική, εμπορικούς αμφορείς και εισηγμένα κυρίως από τις χώρες της Ανατολής κεραμικά προϊόντα, μαρμάρινα αγαλμάτια και επιγραφές, ναυτικό εξοπλισμό και πολυτελή έπιπλα με άψογα επεξεργασμένους καπλαμάδες με διάκοσμο από ελεφαντόδοντο.