Ενότητα 2 : Τοπία και Μύθοι της Βοιωτίας.
Μόλις ο επισκέπτης περάσει στην επόμενη αίθουσα έχει την ευκαιρία να περιηγηθεί στο φυσικό τοπίο της Βοιωτίας, μέσα από έναν μεγάλο τρισδιάστατο χάρτη και ψηφιακή προβολή.
Ωστόσο η ενότητα είναι αφιερωμένη στους σπουδαιότερους βοιωτικούς μύθους, με αντικείμενα που εικονογραφούν τους μυθικούς πρωταγωνιστές ή αναφέρονται σε αυτούς.
Η Βοιωτία αποτελεί κοιτίδα πολλών φημισμένων μυθικών αφηγήσεων, ιδιαίτερα η Θήβα και ο Ορχομενός ξεχωρίζουν ως τόποι γέννησης θεών και ηρώων ή μυθικών συμβάντων.
Ο σκύφος με ανάγλυφες παραστάσεις της προθήκης 2 εικονογραφεί τον ιδρυτικό μύθο της Θήβας από τον Κάδμο, τον γιο του βασιλιά της Φοινίκης.
Στις επόμενες προθήκες 3-4 και το βάθρο 1 εκτίθενται απεικονίσεις της Σφίγγας, μυθικού φτερωτού τέρατος με κεφάλι γυναίκας και σώμα λέαινας, το οποίο εξόντωσε ο Οιδίποδας.
Ο πιο αγαπητός ήρωας των Ελλήνων, ο Ηρακλής, γεννήθηκε και μεγάλωσε στη Θήβα. Οι Θηβαίοι, πολλούς αιώνες έπειτα από τα μυθικά «γεγονότα», διατηρούσαν τα ερείπια μιας οικίας κοντά στις Ηλέκτρες Πύλες, όπου πίστευαν ότι είχε γεννηθεί ο ήρωας. Η μοίρα του Ηρακλή τού επιφύλασσε να δοξαστεί μέσα από τους δώδεκα άθλους αλλά και από μια σειρά μικρότερων κατορθωμάτων.
Στις προθήκες 5-11 και το βάθρο 2 εκτίθενται αντικείμενα που εικονογραφούν τους άθλους του, όπως οι μελανόμορφες κύλικες βοιωτικού εργαστηρίου του 5ου αιώνα π.Χ., με παράσταση της πάλης του Ηρακλή με το λιοντάρι της Νεμέας και με τον ταύρο. Το φαινομενικά μαρτυρικό τέλος του σε πυρά της Οίτης οδήγησε στην αποθέωσή του και
του εξασφάλισε μια θέση ανάμεσα στους θεούς. Σε ανάμνηση του μυθικού συμβάντος κάθε χρόνο, κοντά στο σημερινό χωριό Παύλιανη στην πλαγιά της Οίτης, συγκεντρώνονταν οι πιστοί και έριχναν θυσιασμένα ζώα και διάφορα αφιερώματα (όπλα, εργαλεία, χάλκινα ειδώλια και πήλινα αγγεία) σε μια εντυπωσιακή πυρά. Ορισμένα από αυτά τα αντικείμενα μπορεί να δει ο επισκέπτης στην προθήκη 8.