Στις Προθήκες 28-46 ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να πιστοποιήσει τις αλλαγές που έχουν συντελεστεί από την προηγούμενη περίοδο και να κατανοήσει αυτές που θα ακολουθήσουν. Αρχικά θα αντικρύσει δύο πολύ χαρακτηριστικά βοιωτικά αγγεία, ένα κύπελλο με πτυχωτό χείλος και μία τεφρή μινύεια κύλικα, από την Πρώιμη και Μέση Εποχή του Χαλκού αντίστοιχα.
Ένα ελεφαντοστέινο ειδώλιο γυναίκας, κυκλαδικού τύπου, και πήλινα αγγεία επιβεβαιώνουν τις καλλιτεχνικές σχέσεις με τις Κυκλάδες. Μια ιδέα για τον πλούτο της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού σχηματίζει ο επισκέπτης από τα χρυσά κοσμήματα, τα οποία βρέθηκαν σε ηγεμονικό τάφο της Θήβας, ενώ μια σειρά σφραγίδων από διάφορες θέσεις της Βοιωτίας μαρτυρεί το επίπεδο της διοικητικής οργάνωσης των οικισμών (Προθ. 31).
Η λατρεία απαιτεί πλέον εξειδικευμένα αντικείμενα, όπως τα ειδώλια ταύρων της Προθήκης 32. Ένας μοναδικός «θησαυρός» χάλκινων εργαλείων (πελέκεις και σμίλες),
μαζί με το αγγείο στο οποίο τα φύλαξαν (Προθ. 33) εκπλήσσει με την ομοιότητα που παρουσιάζει με σύγχρονα αντικείμενα και αποδεικνύει το υψηλό επίπεδο τεχνογνωσίας που διέθεταν οι μεταλλουργοί της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού. Τα εργαλεία βρέθηκαν καταχωμένα κάτω από το δάπεδο μεγάλου αψιδωτού κτηρίου, όπου τα είχε κρύψει ο κάτοχός τους δίχως να επιστρέψει.
Εργαλεία, όπλα και κοσμήματα από διάφορες βοιωτικές θέσεις εκτίθενται και παρακάτω. Η Προθήκη 35, εκτός από πιθανώς εισηγμένα αγγεία, φιλοξενεί και τα κτερίσματα ομαδικής ταφής 12 ατόμων στο υπόγειο του Μουσείου (βλ. ενότητα 16), καθώς και μια σειρά αγγείων της Πρώιμης και Μέσης Εποχής του Χαλκού.
Οι τεχνολογικές γνώσεις, που απαιτούνταν για την κατασκευή και όπτηση μεγάλων αγγείων, εργαλείων, κοσμημάτων και ειδών πολυτελείας, οδήγησαν σταδιακά στην εμφάνιση ειδικευμένων τεχνιτών και στην ανάπτυξη του ανταλλακτικού εμπορίου.