Τα λατρευτικά κέντρα στη Βοιωτία πολλαπλασιάζονται προς το τέλος του 8ου αιώνα π.Χ., τάση που παρατηρείται και στον υπόλοιπο ελλαδικό χώρο.
Στη Θήβα συνεχίζεται η παλαιά λατρεία των Καβίρων, οργανώνεται η λατρεία του Ισμηνίου Απόλλωνα και του Ηρακλή, ενώ αποθέτες προσφορών στην περιφέρεια της πόλης παρέχουν ενδείξεις τελετουργικής δραστηριότητας.
Την ίδια εποχή ακμάζει η λατρεία του ήρωα Πτώου και του Πτώου Απόλλωνα στο Ακραίφνιο και οργανώνονται τα ιερά της Αρτέμιδος στην Αυλίδα και της Αθηνάς
στην Αλίαρτο.
Στις Προθήκες 98-99 παρουσιάζονται αντικείμενα σχετικά με τη λατρεία.
Ξεχωρίζει η Προθήκη 99 με κεραμική από την τελετουργική πυρά του ιερού του Ηρακλή στη Θήβα.Στα βάθρα 19-20 εκτίθενται δυο πώρινοι λέβητες από τις Πλαταιές.