Ενότητα 5 : Η περίοδος των μυκηναϊκών ανακτόρων.
Η περίοδος χαρακτηρίζεται από πολλαπλές καινοτομίες: ιδρύθηκαν ανάκτορα, χρησιμοποιήθηκε η πρώτη γραπτή μορφή της ελληνικής γλώσσας (Γραμμική Β γραφή), αναπτύχθηκαν οι τέχνες και εντάθηκαν οι σχέσεις με αυτοκρατορίες της ανατολικής Μεσογείου.
Σημαντικά κέντρα αποτελούσαν η Θήβα και ο Ορχομενός στη Βοιωτία, οι Μυκήνες και η Τίρυνθα στην Αργολίδα, η Πύλος στη Μεσσηνία, ο Άγιος Βασίλειος στη Λακωνία, ο Βόλος στη Μαγνησία, η Κνωσός και η Κυδωνία (Χανιά) στην Κρήτη.
Πρόκειται για έδρες κρατών, ενταγμένων πιθανώς σε μια ευρύτερη πολιτική οντότητα στην περιοχή του Αιγαίου, ίσως αυτήν που αναφέρεται ως Ahhiyawa στα κείμενα των Χετταίων.
Στην ενότητα 5 ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να θαυμάσει τα εντυπωσιακά ευρήματα που τεκμηριώνουν διάφορες πτυχές του λαμπρού μυκηναϊκού πολιτισμού στη Βοιωτία. Εκτός από τα μεγάλα κέντρα της Θήβας και του Ορχομενού, αναπτύχθηκαν στην περιφέρειά τους δευτερεύοντα, όπως η Εύτρηση, η Αυλίδα, η Τανάγρα και ο Ελεών, καθώς και πλήθος μικρότερων οικισμών.
Εικάζεται επίσης η επέκταση της επιρροής της Βοιωτίας στην Εύβοια, την Αττική, την ανατολική Φωκίδα και τη Λοκρίδα.