Κατά τη Βυζαντινή περίοδο η Κρήτη αποτέλεσε αυτοτελή διοικητική περιφέρεια διοικούμενη από το Βυζαντινό στρατηγό με διοικητικό και στρατιωτικό κέντρο τη Γόρτυνα. Ο πληθυσμός της, καθαρά Ελληνικός, όπως αναφέρθηκε είναι χριστιανικός.Αραβικές επιδρομές μαζί με θεομηνίες έχουν καταστροφικές συνέπειες με αποτέλεσμα την παρακμή πολλών πόλεων. Η Κρήτη δεν διαθέτει ακόμα ισχυρή και οργανωμένη άμυνα και ο βυζαντινός στόλος βρίσκεται σε αδυναμία να την προστατεύσει.
Το 824 μ.Χ οι Άραβες κατακτούν την Κρήτη, χτίζουν κάστρα και εξαπολύουν πειρατικές επιδρομές με κύριο ορμητήριο τον Χάνδακα (σημερινό Ηράκλειο). Έτσι η Κρήτη αποχωρίζεται από το Βυζάντιο.
Το 960 μ. Χ, όμως το Βυζάντιο στέλνει τον στρατηγό Νικηφόρο Φωκά, που ηγείται μιας τεράστιας στρατιωτικής και ναυτικής δύναμης και αποβιβάζεται στην περιοχή του Χάνδακα, τον οποίο καταλαμβάνει ύστερα από μακροχρόνια πολιορκία. Έτσι απελευθερώθηκε η Κρήτη.
Οι Βυζαντινοί οργανώνουν την άμυνα και εγκαθιστούν πληθυσμούς που είναι πιστοί στην αυτοκρατορία. Η αυτοκρατορική εξουσία εδραιώνεται με 12 Βυζαντινά αρχοντόπουλα που στέλνονται στην Κρήτη και έτσι η ηρεμία επανέρχεται στο νησί. Τελικά, το 1453 μ. Χ. συντελείται πτώση του Βυζαντίου, μιας αυτοκρατορίας που έδωσε στον κόσμο ένα αξιόλογο πολιτισμό με ανεκτίμητη συμβολή στα γράμματα, τις τέχνες και στη νομική επιστήμη. Μια προσφορά που για πολλές εκατονταετίες είχε υποτιμηθεί.