Από το 2009, εφαρμόζεται για τους μαθητές ένας εκπαιδευτικός τρόπος ξενάγησης.
Στην αίθουσα εκπαιδευτικών προγραμμάτων προβάλλονται ειδικά βίντεο- ντοκιμαντέρ, όπως «Η ιστορία της Αμβρακίας», «Το ταξίδι του αμφορέα», η διαδρομή δηλαδή ενός τεφροδόχου αμφορέα από την ανασκαφή έως την προθήκη του μουσείου και «Η σαρκοφάγος του πολεμιστή» που παρουσιάζει την ανασκαφική έρευνα ενός τάφου και στη συνέχεια τη μεταφορά του στο χώρο της έκθεσης.
Στη συνέχεια οι μαθητές επισκέπτονται τα εργαστήρια συντήρησης, όπου έχουν τη δυνατότητα να πληροφορηθούν για τη διαδικασία συντήρησης των αρχαιοτήτων, αλλά και του οστεολογικού υλικού.
Η κάθε επίσκεψη ολοκληρώνεται με την ξενάγηση στην έκθεση, η οποία είναι κατά τέτοιο τρόπο διαμορφωμένη ώστε να δημιουργεί στον επισκέπτη την αίσθηση ότι περιηγείται μέσα στην αρχαία πόλη της Αμβρακίας.