Η Μάνθα Ζαρμακούπη αποφοίτησε το 2000 από τη Σχολή Αρχιτεκτόνων του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου. Στο Harvard ολοκλήρωσε μετ’ επαίνων ένα διετές μεταπτυχιακό στην «Ιστορία και Θεωρία της Αρχιτεκτονικής». Τα ερευνητικά της ενδιαφέροντα την έφεραν πίσω στην Ευρώπη, συγκεκριμένα στον τομέα Κλασικής Αρχαιολογίας του Κολεγίου St John’s στην Οξφόρδη. Εκεί υποστήριξε το 2007 τη διδακτορική της διατριβή, μια αρχιτεκτονική και πολιτισμική μελέτη των ρωμαϊκών επαύλεων γύρω από τον κόλπο της Νάπολης (1ος αι. π.Χ.–79 μ.Χ.).
Σήμερα ανήκει στο διδακτικό προσωπικό του Πανεπιστημίου του Birmingham. Ένα πυκνογραμμένο, δεκασέλιδο Βιογραφικό μαρτυρεί μια ακατάβλητη ερευνητική δραστηριότητα που εδράζεται στη διπλή της ιδιότητα, της αρχαιολόγου και της αρχιτέκτονος, και απλώνεται σε στεριά και θάλασσα.
Σκιαγραφώντας το φάσμα των ενδιαφερόντων της, θα αναφέρουμε ενδεικτικά ότι συμμετείχε ως αρχιτέκτων πεδίου στην ανασκαφή του Ιωάννη Μυλωνόπουλου στο ιερό του Ποσειδώνα στον Ογχεστό της Βοιωτίας, στην ανασκαφή του R.R.R. Smith στην Αφροδισιάδα της Καρίας (Μ. Ασία). Έλαβε επίσης μέρος σε αναστηλωτικά προγράμματα στην Ελλάδα για μνημεία του 13ου–19ου αιώνα: εκκλησίες και μοναστήρια της Πάρου, φράγκικο κάστρο της Μονεμβασιάς, χωριά της Μάνης, βιομηχανικό συγκρότημα στον Πειραιά. Αρχιτέκτων τοπίου στους κήπους της έπαυλης Arianna A (Stabiae, κόλπος της Νάπολης), αρχιτέκτων πεδίου και αρχαιολόγος στη Δήλο, σε συνεργασία με τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή. Ως υποβρύχια αρχαιολόγος έλαβε μέρος στην έρευνα των Αλ. Μαζαράκη Αινιάνος και Δ. Κουρκουμέλη στο λιμάνι της αρχαίας Κύθνου. Κυρίως όμως καταδύεται στη Δήλο, συνδιευθύνοντας με την Αγγελική Σίμωσι, Προϊσταμένη της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων, την υποβρύχια έρευνα της βορειοανατολικής πλευράς του νησιού.
Από τις μελέτες της θα σταθούμε μόνο στα βιβλία: Ύστερα από το συνέδριο που οργάνωσε το 2007 στην Οξφόρδη, το 2010 εκδίδει με δική της επιμέλεια τον τόμο που προέκυψε από αυτό: Η Έπαυλη των Παπύρων στο Herculaneum: αρχαιολογία, πρόσληψη και ψηφιακή αναπαράσταση. Στη συμμετοχή της, «The virtual reality digital model of the Villa of the Papyri project», η Μάνθα Ζαρμακούπη παρουσιάζει το ψηφιακό μοντέλο εικονικής πραγματικότητας της Έπαυλης των Παπύρων, το οποίο ανέπτυξε η ίδια στο UCLA.
Τώρα ετοιμάζει την επιμέλεια ενός άλλου τόμου με τίτλο: Ματιές στην πόλη: Μεταξύ αρχιτεκτονικών και αρχαιολογικών προσεγγίσεων (ΜΕΛΕΤΗΜΑΤΑ, έκδοση του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών).
Το 2014 εκδίδεται από τις Πανεπιστημιακές Εκδόσεις της Οξφόρδης, αναθεωρημένη, η διδακτορική της διατριβή: Ένας σχεδιασμός που αποβλέπει στην πολυτέλεια: επαύλεις και τοπία στον κόλπο της Νάπολης (περ. 100 π.Χ.–79 μ.Χ.). Δύο ακόμη μονογραφίες της βρίσκονται στα σκαριά: η πρώτη πραγματεύεται την ιδέα του τοπίου στις πολυτελείς ρωμαϊκές επαύλεις (The idea of landscape in Roman luxury villas), ενώ η δεύτερη σκιαγραφεί το πορτρέτο μιας πόλης που αλλάζει, το εμπόριον δηλαδή της ύστερης ελληνιστικής Δήλου (Portrait of a city in change: the emporion of late Hellenistic Delos).