Τα εκπαιδευτικά προγράμματα αποτελούν για το Ελληνικό Παιδικό Μουσείο τον κορμό της λειτουργίας του από τη στιγμή της ίδρυσής του.
Είναι αποτέλεσμα διεπιστημονικής συνεργασίας και στηρίζονται στις ενεργητικές μεθόδους μάθησης και πραγματοποιούνται από ερμηνευτές, ειδικά καταρτισμένους στο αντικείμενο της εκπαίδευσης στο μουσείο.
Σκοπός των εκπαιδευτικών προγραμμάτων του Ελληνικού Παιδικού Μουσείου είναι η εξέλιξη των ικανοτήτων κάθε παιδιού ενθαρρύνοντας τη συμμετοχή, την κριτική σκέψη, την πρωτοβουλία και τη δημιουργικότητα.
Το Ελληνικό Παιδικό Μουσείο αναπτύσσει από το 1987 διαφορετικούς τύπους εκπαιδευτικών προγραμμάτων που ανανεώνονται κάθε χρόνο με βάση τις ανάγκες και δυνατότητες του κοινού, τους περιορισμούς και τις δυνατότητες του χώρου και το αναλυτικό πρόγραμμα του σχολείου.
Στο πλαίσιο αυτό σχεδιάζει προγράμματα για σχολικές ομάδες, για οικογένειες, για ενήλικες, για ΑμεΑ, αφιερώματα, μουσειοσκευές (εκπαιδευτικά κουτιά που ταξιδεύουν) και εκπαιδευτικά φυλλάδια, προγράμματα προσέγγισης που δημιουργούν γέφυρες επικοινωνίας του μουσείου με το σχολείο, το νοσοκομείο, τα εργοστάσια, την τοπική κοινωνία.