Ο ναός της Επισκοπής έχει ιδιαίτερη αρχαιολογική, ιστορική και αρχιτεκτονική αξία, καθώς διατηρεί αφενός μεν αναγνώσιμα τα βασικά αρχικά μορφολογικά και κατασκευαστικά χαρακτηριστικά του και αφετέρου ευδιάκριτα τα στοιχεία της μετατροπής του σε χριστιανικό ναό, μαρτυρώντας με τον πιο χαρακτηριστικό τρόπο τη μακραίωνη ιστορία του τόπου.